Fue creado en marzo de 1979 en la ciudad de Corrientes y, desde 1983, su sede se
encuentra en Resistencia, Chaco, lo que le permite un mayor contacto e intercambio con las Facultades de la UNNE que se encuentran en el campus Resistencia.
Sus antecedentes se remontan a la existencia del Programa de Estudios Regionales de CONICET creado en 1975 y dirigido inicialmente por el Dr. Julio César Espínola y luego por el Dr. José Brie. En el marco de un proceso de reestructuración, el Consejo crea, en la misma fecha que el IIGHI, un organismo técnico-administrativo, el Centro Regional del Nordeste Argentino (CERNEA), básicamente como estructura de servicios destinada a la coordinación de la actividad de los centros de investigación científica de la región y a la organización y mantenimiento de servicios requeridos por los mismos.
El IIGHI fue puesto en marcha y dirigido, en períodos alternados, por sus creadores, el Dr. Ernesto J.A. Maeder y el Dr. Alfredo S.C. Bolsi. De 2000 a 2011 fue dirigido por la Dra. Norma C. Meichtry, en 2007 fue designado como Vice-director el Lic. Enrique Schaller. En marzo de 2011 asumió como directora la Dra. María Silvia Leoni, coincidente con la conversión de todas la Unidades Ejecutoras del CONICET de la región a la doble dependencia con la UNNE. El IIGHI cuenta también, desde 2004, con un Consejo Directivo elegido por los investigadores integrantes de la institución, y desde el 2015, se suman los representantes de los claustros correspondientes al personal de apoyo y becarios.
La perspectiva disciplinaria del Instituto se organizó a partir de los estudios históricos y geográficos bajo el marco conceptual y metodológico de la geohistoria, aunando los preceptos de Carl Sauer y Fernand Braudel en la concepción del espacio-tiempo en la organización de los territorios y las sociedades. Con el transcurso del tiempo y con un grado de crecimiento y de complejidad mayor, el campo disciplinar de las investigaciones llevadas a cabo en el IIGHI se ha enriquecido con la incorporación de estudios relacionados con la demografía, los temas sociales, arqueológicos y antropológicos y, finalmente, la lingüística, la filosofia, el arte y la cultura.
El IIGHI propició la creación de Núcleos temáticos de investigación, docencia y transferencia. En el año 2003, nuevas líneas de estudio incorporadas dieron lugar a la creación del Núcleo de Estudios y Documentación de la Imagen (NEDIM), con su correspondiente Archivo y Fototeca del NEA, puesto en marcha y dirigido por la Dra. Mariana Giordano. Seguidamente inició sus tareas el Laboratorio de Tecnologías de la Información Geográfica (TIG) en asociación con el Departamento de Geografía de la Facultad de Humanidades de la UNNE, cuya Subdirección está a cargo de la Dra. María Alejandra Fantin. En el año 2004, se creó el Núcleo de Estudios en Lenguas Minoritarias Americanas (NELMA) dirigido por la Dra. Marisa Inés Censabella. Desde el año 2005 está radicado en el IIGHI el Nodo local “Córdoba” de la Red Argentina de Vivienda Saludable avalada por la OPS, dirigido por la Dra. María del Carmen Rojas. En el año 2008 inició sus tareas el Núcleo de Estudios Históricos Coloniales, dirigido por la Dra. María Laura Salinas, aunando temas e investigaciones referidos a la etapa de la colonia en la región. El Dr. Ernesto J.A. Maeder es el Director Emérito del Núcleo. Por otra parte, y a partir de proyectos de investigación conjuntos, el Instituto de Estudios Geográficos de la Facultad de Filosofía y Letras de la Universidad Nacional de Tucumán, ha pasado a constituir una Unidad Asociada al IIGHI (Expte. 484/03, Res. 081/04).